El Monumento Natural Cueva del Milodón se encuentra ubicado en la Región de Magallanes y  de la Antártica Chilena, Provincia de Última Esperanza, Comuna de Natales.

En el paralelo 51º 34’ de Latitud Sur y el meridiano 72º 37’ de Longitud Oeste, a 150 m.s.n.m. y a unos 3 kilómetros al norte del Fiordo Eberhard.

Su ruta principal es a través de un recorrido de 25 Km. desde la ciudad de Puerto Natales, accediendo por el camino asfaltado Ruta 9, Pto. Natales-Bories, por 17 Kms hasta llegar a la Ruta Y-290, bifurcación Milodón-Cerro Castillo. Desde esta bifurcación se recorren 8 kilómetros de un camino pavimentado que finaliza en el estacionamiento y portería del Monumento Natural Cueva del Milodón ubicado al costado derecho de esta vía.